1990年柏林墻倒塌，東西德統一，東西德的足球也統一了。兩支東德球隊－羅斯托克和德累斯頓的加入使得德甲在1991/92賽季擴大到了20支球隊。但是這一賽季后德甲又恢復到18支球隊的規模。
1991年德甲首次實行“黃紅牌”制度－一場比賽中連續得兩張黃牌的球員將被出示紅牌并罰下場。斯蒂凡-埃芬貝格是第一個有幸見到這一被稱 為“交通燈牌”的德甲球員。1992年，比賽規則中又引入新規定:守門員不再被允許用手接本隊隊員用腳傳回的球。在這一賽季，德甲首次實行三支球隊降級 制。1995年，德甲實行一場勝得三分制，每場比賽最多可替換三人，球員球衣背后要印有固定號碼和名字。
九十年代也是德甲越來越“對外開放”的年代。1992/93賽季，每支球隊的外國球員限量被提高到三人。1996/97賽季開始，德甲開始不再限制球隊中來自歐洲足協聯合會成員國的球員數量。
九十年代的德甲，無論是奪冠之爭還是保級之戰都變得更加激烈和富有戲劇性。九十年代的五個德甲冠軍都是在最后一個比賽日才見分曉的，有三個球隊在最后一場比賽哨聲吹響時還處于降級的位置，哨音結束后卻僥幸逃脫了降級的命運。
拜仁慕尼黑在九十年代奪冠四次，仍是德甲中的首強，但是它的地位卻不如七、八十年代那樣穩固�！凹t魔”凱澤斯勞滕在九十年代奪得兩次德甲冠軍，一次是在1991年，一次是在1998年�！凹t魔”的第二個德甲冠軍同時也是“奧托皇帝”－里哈格爾在德甲歷史上寫就的前無古人、后無來者的奇跡－升班馬奪冠。1995/96賽季，被拜仁請去的里哈格爾在賽季即將結束時被貝肯鮑爾無情逐出；而也是在此賽季，凱澤斯勞滕降級德乙。之后，里哈格爾在凱澤斯勞滕臥 薪嘗膽一年，率“紅魔”重返德甲，主客場兩度痛斬拜仁兵團，并最終壓住拜仁奪得賽季冠軍，寫就升班馬奪冠神話。里哈格爾在淋漓痛快地雪恥之后，當面告訴貝肯鮑爾做人不要太絕。
斯圖加特在1991/92賽季奪得了該俱樂部首次、也是迄今唯一的一次德甲冠軍，它的主帥就是此后在德國足壇上大起大落的風云人物－克里斯托夫-道姆。不過，奪冠的斯圖加特隊并不是最好的斯圖加特隊。1996/97賽季，巴拉科夫、博比奇和埃爾伯組成的斯圖加特“魔力三角”讓人看得眼花繚亂，這樣漂 亮瀟灑的足球在德甲此后鮮有出現。
九十年代，多特蒙德在希斯菲爾德的調教下連續兩次德甲奪冠，并且還獲得過一次歐洲職業足球的最高榮譽－歐洲冠軍杯冠軍。希斯菲爾德從此成為了德國的第一大牌教練。
九十年代后半期，列沃庫森三次追趕拜仁未果，因此有了褒獎中帶有幾分苦澀和嘲諷的稱號－“永遠的老二”。這一切歸功于克里斯托夫-道姆，自從 1996年他執教列沃庫森之后，德甲的冠軍之爭更加驚險刺激，德甲變得更富有激情，而他本人似乎注定成為劇中的悲情英雄。德甲進入21世紀后的第一年，被指定為國家隊教練的道姆栽在了吸毒丑聞上。
九十年代的最后一個賽季，拜仁強大無比，簡直是打遍德甲無敵手，最后以高出第二名15分的成績奪得20世紀的最后一個德甲冠軍。
八十年代中后期到九十年代，德國足球在世界足壇上依然是強中強，奪得過1990年的世界杯冠軍和1996的歐洲錦標賽冠軍。這兩屆國家隊的隊員，如 馬特烏斯、克林斯曼、沃勒爾、科勒、布萊默、哈斯勒、薩默爾、比埃爾霍夫、埃芬貝格夫等人成了歐洲足壇的一代驍將，在德甲中也是星光閃爍。
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